これまでパートナーが請求書を作成していた契約を、支払通知書での対応に切り替えることはできますか？

はい、可能です。 稼働条件の変更機能を使い、発注書を作成し、請求方法を「企業側が支払通知書を送付し、パートナーが承認する」にする手続きをします。 詳しくは、こちらのヘルプページをご参照ください。